Агент Фил Колсон набирает группу для борьбы с преступной организацией «Rising Tide», одновременно сталкиваясь с новой угрозой, когда в Нью-Йорке начинают появляться сверхлюди, подопытные проекта «Сороконожка» (или «Многоножка»). Щ.И.Т. выходит на след эксцентричного борца за свободу информации Скай, которая соглашается вступить в ряды организации и в команду Колсона.